Esta era la situación del Perú a la llegada del Libertador, a quien el congreso autorizó para poner fin a las desaveniencias usando de los medios que tuviese por conveniente. En 10 del mismo mes de septiembre sancionó el congreso otro decreto confiriendo al Libertador la suprema autoridad militar en toda la república con facultades extraordinarias; e igualmente la autoridad política directorial, para solicitar recursos y auxilios, así dentro del territorio peruano como en el extranjero (véase el número 33) Pero el país estaba en un estado deplorable can sus divisiones; falto de recursos; desmoralizado, y sus pueblos cansados con el desorden. Sin embargo, Bolívar había dicho al congreso en la sesión a que fue admitido "Señor: yo ofrezco la victoria, confiado en el valor del ejército unido y en la buena fe del congreso poder ejecutivo y pueblo peruano; así el Perú quedará independiente y soberano por todos los siglos de existencia que la Providencia divina le señale".
El Libertador, sólo encontró en Lima dos batallones de infantería y un escuadrón de caballería de Buenos Aires; dos cuadros de infantería y un escuadrón de peruanos. Del resto del ejército una parte estaba con Sucre sobre la cordillera, y otra con Riva-Agüero en rebelión contra el gobierno peruano. Las tropas españolas se habían dirigido todas sobre el general Santa Cruz, quien en la Paz y Oruro había logrado reunir cerca de siete mil hombres, y sobre a general Sucre, quien en Arequipa mandaba tres mil cuatrocientos; Santa Cruz perdió toda su gente en operaciones mal dirigidas por querer evitar la autoridad de Sucre y obrar por sí, para ganarse solo los laureles del triunfo. Cuando ya Santa Cruz se vio en tan mal estado, escribió a Sucre llamándolo desde Oruro, para que se uniesen en el Desaguadero; mas no hallando en aquel punto a Sucre, continuó la retirada con los restos de su ejército, que se le iba dispersando, hasta que en Santa Rosa concluyó la disolución, no quedando más que seiscientos hombres con que se retiró sobre Moquegua.