La pérdida del Callao aumentó las dificultades al Libertador, que careciendo aún de los recursos necesarios para llevar a cabo la independencia del Perú, se encontraba, por esta desgracia, con la pérdida de los almacenes del Callao, que contenían un gran depósito de armas, municiones y demás elementos de guerra. Todo lo que perdía el ejército libertador lo ganaba el enemigo, que aumentaba en fuerzas cada día.
El Libertador instó nuevamente al gobierno de Colombia por prontos auxilios. Pedía catorce o diez y seis mil hombres, entre los cuales debían contarse mil lanceros del Llano; dos millones de pesos; buenos oficiales de marina; jarcia, lona, hierro y otros aparejos para los buques; fusiles, vestuario, equipo y demás elementos de guerra. Pero el gobierno no podía disponer nada de esto sin que el congreso lo decretara, y éste aún no se había reunido. Así le contestó el vicepresidente al Libertador y aumentó las penas de su espíritu, porque veía venir sobre sí una gran tormenta, sin tener las fuerzas suficientes para resistirlas, siéndole imposible la retirada para salvar siquiera el ejército colombiano, teniendo que atravesar inmensos desiertos de arenales. ¡Situación espantosa!, ¡en que veía comprometido el honor de Colombia y el suyo propio!
Por ese mismo tiempo era que s lidiaba con los pastusos encabezados por Agualongo, y cu ya noticia hemos anticipado por no interrumpir la narración de las últimas campañas de Pasto; y este era otro cuidado que atormentaba el espíritu del Libertador. Así, al mismo tiempo que escribía al vicepresidente de Colombia pidiéndole auxilios para el Perú, le comunicaba sus instrucciones sobre el modo de manejar las cosas de Pasto.
En este estado, el congreso del Perú sancionó un decreto con fecha 10 de febrero, en que le nombraba dictador con todas las facultades indispensables para salvar la patria y cuyas funciones debería ejercer hasta que juzgase no ser necesarias y convocase un congreso constitucional (véase el número 34). El congreso se disolvió después de dar este decreto, que fue comunicado al Libertador in mediatamente, quien empezó a ejercer sus funciones desde el 13 del mismo mes, dando principio por dirigir a los peruanos una proclama en que decía:
"¡Peruanos! Las circunstancias son horribles para vuestra patria y vosotros lo sabéis; pero no desesperéis de la república; ella está expirando, pero no ha muerto aún. El ejército de Colombia está todavía intacto y es invencible. Esperamos además diez mil bravos que vienen de la patria de los héroes de Colombia. ¿Queréis más esperanzas? Peruanos! En cinco meses hemos experimentado cinco traiciones y defecciones; pero os quedan contra millón y medio de enemigos, catorce millones de americanos que os cubrirán con el escudo de sus armas. La justicia también os favorece, y cuando se combate por ella, el cielo no deja de conceder la victoria".
Inmediatamente envió el Libertador a Lima al general argentino don Mariano Necochea, para que antes de que fuera invadida por los españoles salvase todo cuanto pudiese. Lima estaba en anarquía, porque los principales magistrados se habían hecho al bando de los españoles los demás empleados habían abandonado sus destinos y del mismo modo los militares y Torretagle había llamado a los españoles para que ocupasen aquella capital, dando al mismo tiempo una proclama en que trataba al Libertador de tirano y de monstruo, enemigo de los hombres de bien y de cuantos se oponían a sus miras ambiciosas, y concluía excitando a los peruanos a unirse con él a los españoles.
Estos entraron en Lima el 27 de febrero, y Necochea se retiró con cuatrocientos hombres. Pasaronse al enemigo multitud de empleados civiles y militares, entre éstos el general Portocarrero. Pasóseles también al Callao un regimiento de Granaderos montados de Buenos Aires. De los oficiales sueltos que había en Lima se presentaron a Rodil ciento cinco. En Supe se sublevaron con su gente los comandantes Navajas y Ezeta, y echando mano a los oficiales patriotas, marcharon para Lima a presentarlos al jefe español. ¿Qué tal situación?...
De este modo había llegado a su colmo la desmoralización peruana, y Bolívar con sus colombianos ya se contemplaba como rodeado de enemigos por todas partes, pues con semejantes ejemplos debía esperar que no quedase un solo peruano que no abandonase la causa de la república. Nunca, jamás, había tenido que hacer frente el Libertador a contratiempos más peligrosos en posición tan aflictiva y desesperada. Pero tenía alma grande y buena cabeza; y no todos los hombres influyentes del Perú siguieron el ejemplo de los traidores, sino que por el contrario, se dedicaron con empeño a mantener la Opinión de los pueblos en favor del Libertador. Este resolvió pasar de Patibilca a Trujillo, y allí dio una proclama en que Contestando a la de Torretagle decía:
"¡Peruanos! Vuestros jefes, vuestros internos enemigos, han calumniado a Colombia, a sus bravos y a mí mismo. Se ha dicho que pretendemos usurpar vuestros derechos, vuestro territorio y vuestra independencia. Yo os declaro a nombre de Colombia, y por el sagrado del ejército libertador, que mi autoridad no pasará del tiempo indispensable para prepararnos a la victoria; que al acto de partir el ejército que actualmente lo ocupa, seréis gobernados constitucionalmente por vuestras leyes y por vuestros magistrados.
"¡Peruanos! El campo de batalla que sea testigo del valor de vuestros soldados, del triunfo de vuestra libertad, ese campo afortunado me verá arrojar de la mano la palma de la dictadura; y de allí me volveré a Colombia con mis hermanos de armas, sin tomar un grano de arena del Perú dejándoos la libertad".