En esta situación escribió el Libertador desde Trujillo al gobierno de Colombia con fecha 22 de diciembre de 1823, manifestando el estado de las cosas y la guerra que de nuevo tendría que sostener Colombia contra los españoles si se les dejaba adueñarse del Perú. Recomendaba, pues, con todo encarecimiento al vicepresidente que sometiera a la consideración del congreso su exposición para que accediera al envío de nueve mil hombres, sobre los tres mil que ya estaban navegando. Pedía el Libertador con especialidad se le mandaran, por lo menos, mil lanceros de los Llanos, de esos admirables jinetes de que no se tenía idea en el Perú.
Después de esto, el Libertador se dirigió a Lima y se estableció en Patibilca, donde enfermó gravemente de una irritación en el estómago y fiebre ardiente. Las fatigas militares, los fuertes soles de aquellos ardientes arenales y las penas del espíritu en presencia de un comprometimiento en que iba todo su honor y el de Colombia, cual era el de libertar al Perú, cuando por todas partes se veía rodeado de inconvenientes y de dificultades, todo esto era preciso que produjese un mal tan grave, como aquel, que lo mantuvo postrado en cama desde el 1° de enero hasta el 8 en que empezó a ceder la enfermedad, quedando en tal extenuación que semejaba un cadáver, o más bien un esqueleto de hombre. Su cabeza estaba enteramente débil y su imaginación no dejaba de estar atormentada con tantos y tan negros cuidados. En tal situación lo halló su amigo el señor Joaquín Mosquera quien sabedor del peligro en que se encontraba el hombre en quien estaban fincadas todas las esperanzas de la América del Sur, voló a asistirle y prestarle cuantos auxilios pudiera. Es preciso oir hablar sobre esto al mismo señor Mosquera, en una carta suyas hacía la pintura del estado en que halló al Libertador de convaleciente: "Estaba, dice, sentado en una pobre silla de vaqueta recostado contra la pared de un pequeño huerto; atada la cabeza con un pañuelo blanco y sus pantalones de guin, que me dejaban ver sus dos rodillas puntiagudas sus piernas descarnadas, voz hueca y débil y su semblante cadavérico".
Este era el estado del hombre a quien estaba encomendada la empresa de arrojar del Perú un ejército de veinte mil hombres, después de todas las pérdidas y desgracias acaecidas, entre ellas, quizá la más sensible, la baja de cerca de tres mil sol dados en que enfermedades y deserciones había sufrido el ejército colombiano. Aún no sabía si podía contar con los auxilios pedidos a Colombia; esto era capaz de arruinar el espíritu más fuerte y de desalentar al hombre de más corazón. Mosquera contemplando todo esto y la situación de Bolívar, le pregunta:-"¿Y qué piensa usted hacer ahora?".
-"Triunfar", responde el hombre exánime.
-"¿Yqué hace usted para triunfar?".
-"Tengo dadas las órdenes para levantar una fuerte caballería en el departamento de Trujillo: he mandado fabricar herraduras en Cuenca, en Guayaquil y Trujillo: he ordenado que se tomen, para el servicio militar, todos los caballos buenos del servicio del país, y he embargado todos los alfalfares para mantenerlos gordos. Luégo que recupere mis fuerzas me iré a Trujillo. Si los españoles bajan de la cordillera a buscarme, infaliblemente los derroto con la caballería. Si no bajan, dentro de tres meses tendré una fuerza para atacar: subiré a la cordillera y derrotaré a los españoles que están en Jauja".
El Libertador dirigió en el mes de enero un oficio al gobierno de Colombia, juntamente con una representación al congreso, en que renunciaba la presidencia y la pensión anual de treinta mil pesos que por un decreto acababa de asignarle dicho cuerpo.
Había llegado a sus manos un oficio que los diputados de Quito habían dirigido al cabildo de esta ciudad, pidiendo documentos para acusar ante el congreso a las autoridades, de cuyos abusos se quejaban. Entre otras cosas decían los diputa dos a los municipales de Quito, que estuvieran seguros de que en el congreso tenían representantes de tanto carácter que acusarían al mismo presidente de la república si fuese necesario. Como las autoridades de Quito habían sido nombradas por el Libertador con facultades extraordinarias, las suceptibilidades de éste no dejaron de resentirse un poco, en el estado en que su salud se hallaba; creyendo ser contra él principalmente la acusación que se intentaba. Por eso en la renuncia decía, entre otras cosas: "Además mientras que el reconocimiento de los pueblos ha compensado exuberantemente mi consagración al servicio militar, he podido soportar la carga de tan enorme peso; mas ahora que los frutos de la paz empiezan a embriagar a estos mismos pueblos, también es tiempo de alejarme del horrible peligro de las disensiones civiles y de poner a salvo mi único tesoro: mi reputación. Yo, pues, renuncio por la última vez la presidencia de Colombia: jamás la he ejercido; así, pues, no puedo hacer la menor falta. Si la patria necesita de un soldado, siempre me tendrá pronto para defender su causa. No podré encarecer a V. E. el vehemente anhelo que me anima para obtener esta gracia del congreso, y debo añadir, que no ha mucho tiempo que el protector del Perú me ha dado un terrible ejemplo, y será grande mi dolor si tuviere que imitarle.