Sabiendo Sucre la dispersión del ejército pe ruano, retiró su gente a Cangallo y pasó a Monquehua solo, a ponerse de acuerdo con Santa Cruz; más se halló con que las fuerzas que debía haber allí reunidas, eran en número insignificante y completamente desmoralizadas, y lo peor de todo, Santa Cruz se había convertido en partidario de Riva Agüero. En tal situación, ya Sucre no debió pensar en otra cosa que en salvar la división, y fue lo que logró hacer en Quilca, y pasó después a Pisco. El Libertador le mandó órdenes para hacer marchar la caballería por tierra hacia Lima, y la infantería por mar a la costa del norte, a desembarcar en Barrancas, donde debía reunirse con el resto del ejército colombiano que se hallaba en marcha. Al mismo tiempo ofició el Libertador al gobierno de Colombia pidiéndole tres mil veteranos más. Con Riva-Agüero estaba en negociaciones de paz, que debían verificarse con su sometimiento al gobierno, pero todo se iba en palabras, hasta que el Libertador comprendió, y supo positivamente, que Riva-Agüero y su ministro de guerra, don Ramón Herrera 1 , estaba en negociaciones con los españoles para establecer una monarquía en el Perú.
Bien cerciorado de este plan el Libertador, determinó obrar activamente, y se puso en marcha con la tropa colombiana y con dos cuerpos peruanos. En Patibilica se dictaron todas las disposiciones para pasar la cordillera, e intimó a Riva-Agüero que se sometiese al gobierno legítimo con las fuerzas que estaban bajo sus órdenes, dándole por su parte toda clase de seguridades. En Huaras se hallaba la mayor parte de las fuerzas de Riva-Agüero, mandadas por el coronel don Remigio Silva, quien se retiró hacia Cajamarca al saber que se acercaban las tropas del Libertador. Este envió inmediatamente un comisionado del ejército a tratar con los jefes que mandaban las tropas disidentes, persuadiéndolos sobre la necesidad de unirse todos, para sostener la independencia del Perú. De aquellos jefes, unos se sometieron al gobierno con la tropa, y otros fueron a ocultarse hacia el Marañón.
En estas circunstancias, el coronel Antonio Gutiérrez de Fuentes hizo una revelación en Trujillo con el objeto de impedir los planes de Riva-Agüero de que estaba perfectamente impuesto. Este jefe, a la cabeza del escuadrón Coraceros, entró a Trujillo en la mañana del 25 de noviembre, y prendió a Riva-Agüero y a sus amigos, convocó cabildo abierto, que aprobó su conducta, y se le confió el mando del departamento hasta la terminación del gobierno legítimo. La primera medida que tomó Fuentes fue mandar a Riva-Agüero y a su secretario Herrera preso a Guayaquil. El Libertador mandó orden a Guayaquil para que los pusieran en libertad y salieran para un país extranjero.
Después de esto, el general Sucre, resuelto a hacerse cargo del mando del ejército unido, se acantonó en la provincia de Andahuailas, y el Libertador siguió hasta Cajamarca con el estado mayor general, y allí dio todas sus disposiciones para la organización del ejército peruano, trasladándose luégo a Trujillo. Aquí meditaba sobre su plan de libertad al Perú; pero la situación era triste. A cada momento se presentaban embarazos y dificultades; aún había restos de la facción de Riva-Agüero, que hostilizaban al gobierno y de consiguiente embarazaban en parte las medidas que debieran tomarse. Una fuerza de dos mil quinientos hombres que se esperaba en Chile, enviada por aquel gobierno en auxilio del Perú, no se logró por accidentes particulares que le hicieron regresar a Coquimbo. Así se vio el Libertador sólo con sus colombianos, privado de aquel recurso con que contaba para llevar a cabo la independencia del Perú, disputada por un ejército aguerrido de más de veinte mil hombres, mandados por excelentes jefes españoles que contaban con recursos y con partidarios en los pueblos, que se hallaban cansados con las disensiones domésticas. También se acababan de perder trescientos buenos caballos chilenos que venían para la caballería, los cuales llegados al puerto de Arica, el comandante del buque en que venían los hizo degollar y arrojar al mar, por no tener forrajes a bordo y temer que cayeran en manos de los españoles.